Automatizce ve fyzice: Open data, F.A.I.R.

Petr Čermák

2024-01-12

Připojte se

cermak.science/teaching/automation/lectures/12-fair/presentation.html

Úvod

Co je F.A.I.R.?

• T jako Trustworthy
  • data nejsou upravena
  • metadata jsou v pořádku (automatické vyplnění)
  • všechna data jsou publikována

Findable

• Chceme vědět, jestli někdo ještě měřil fonony v křemíku
• Článek
• Findable?

• google

Accessible

• definovaný přístup (API)
• porovnejte:
  • ILL
  • figshare
• –> strojově čitelný záznam

Interoperable

• použití standardizovaného formátu dat (někde je popis)
• parametry experimentu v metadatech
• lze využít ufit library (pip install ufit)

Reusable

• idea: skript zpracuje všechna data do článku

• nestačí pouhý Jupyter notebook

• vytvořit requirements.txt se specifikovanou verzí knihoven

• binder:

nebo:

• použít Repo2Docker
• archivovat celý docker image

Ideální stav

Cvičení - zpracujeme si data

Publikace dat

• python knihovna ufit
• cviceni.py

Generování dockeru

• Nainstalovat docker (použít WSL na windows)
• pip install jupyter-repo2docker
• generování repositáře

jupyter-repo2docker https://github.com/xxx/yyy
# nebo
jupyter-repo2docker lokalni/adresar

Spouštění

docker load < silicon.tar.gz
docker run -it -p 8888:8888 silicon jupyter notebook --ip 0.0.0.0