Automatizce ve fyzice: OpenCV

Petr Čermák

2024-10-31

Úvod

Co je OpenCV

  • Open source Computer vision knihovna
    • licence BSD
  • Původně vyvinutá Intelem (2000)
    • verze 1.0 v roce 2006
  • Od roku 2012 neziskovka OpenCV
  • Verze 4 (2018)
    • C++ 11 (nativně)
  • https://opencv.org/
  • conda install -c conda-forge opencv
  • pip install opencv-contrib-python

Použití:

  • zpracování obrazu
  • rozpoznání objektů
  • identifikace objektů
  • rozpoznání obličejů
  • gesta
  • motion tracking
  • robotika (hlavní framework pro ROS)

Alternativy

  • MATLAB nevýhody
    • není specialně pro obrázky
    • mnohem pomalejší
    • náročnější na systémové zdroje
    • closed source
  • výhody
    • má lepší memory management
    • Python binding měl problémy

Modulární struktura

  • core
  • imgproc
    • filtrování, histogramy
  • video
    • object tracking
  • highgui
    • základní gui (více v QT)
  • calib3d
  • features2d
    • popisování obrázků, hledání tvarů
  • objdetect
    • obličeje, oči, lidi
  • ml - machine learning, klastrování, třídění
  • gpu
  • ccl - akcelerace pomocí opencl

Základní příkazy

Otevírání obrázků

import cv2 as cv
cv.__version__
'4.10.0'
# ve skriptu
img = cv.imread("check.png")
cv.imshow('checker', img)
cv.waitKey(0)
# v notebooku
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
img = cv.imread("check.png")
plt.figure(figsize=(3,3))
plt.axis('off')
plt.imshow(img)
plt.show()

Operace s obrázky

def rescale(img, scale = 0.5):
  width = int(img.shape[1] * scale)
  height = int(img.shape[0] * scale)

  return cv.resize(img, (width, height), interpolation=cv.INTER_AREA)
import numpy as np

nic = np.zeros((200,200,3), dtype='uint8')
nic[100:120,150:170] = 0,0,255
plt.figure(figsize=(3,3)); plt.axis('off')
plt.imshow(nic)
plt.show()

Kreslení

cv.rectangle(nic, (20,20), (50,50), (0,255,0), thickness=3)

cv.rectangle(nic, (60,20), (90,50), (255,0,0), thickness=-1)
plt.figure(figsize=(3,3)); plt.axis('off')
plt.imshow(nic)
plt.show()

Kreslení

nic2 = np.zeros((512,512,3), np.uint8)
cv.circle(nic2,(427,83), 63, (0,0,255), thickness=-1)
cv.line(nic2,(0,400),(511,400),(255,0,0),thickness=5)
# elipsa se středem, velikostí os, rotace, začátek a konec elipsy v úhlech
cv.ellipse(nic2,(256,256),(100,50),0,0,180,(255,192,202),-1)
pts = np.array([[150,35],[120,30],[170,80],[190,30]], np.int32)
cv.polylines(nic2,[pts],True,(0,0,255),thickness=3)

font = cv.FONT_HERSHEY_PLAIN
cv.putText(nic2,'matfyz',(10,500), font, 4,(255,255,255),2,cv.LINE_AA)
plt.figure(figsize=(3,3)); plt.axis('off')
plt.imshow(nic2)
plt.show()

Rozostření

  • kernel - plovoucí rozostřovací okno
  • cv.blur - jen průměr
  • cv.GaussianBlur - vážený průměr gaussovkou - více přirozené
  • cv.medianBlur - medián, kernel čtverec (!),
    • zachovává okraje
    • dobré na přepálené pixely
  • cv2.bilateralFilter
    • ještěš lepší zachování okrajů
    • pomalé
    • dvě gaussovky
    • bere v potaz jen podobné pixely (dle intenzity, barvy…)

\[ I_{\text{blur}}(x, y) = \frac{1}{k_w \cdot k_h} \sum_{i,j} I(x+i, y+j) \]

\[ B = \frac{1}{25} \begin{pmatrix}1 & 1 & 1 & 1 & 1 \\1 & 1 & 1 & 1 & 1 \\1 & 1 & 1 & 1 & 1 \\1 & 1 & 1 & 1 & 1 \\1 & 1 & 1 & 1 & 1 \\ \end{pmatrix} \]

\[ G(x, y) = \displaystyle\frac{1}{2\pi\sigma}e^{-\frac{x^{2} + y^{2}}{2\sigma^{2}}} \]

\[ \begin{multline} I_{\text{bil}}(x, y) = \frac{1}{W_p} \sum_{i,j} I(x+i, y+j) \\ \cdot G(i, j) \cdot G_{int}(|I(x, y) - I(x+i, y+j)|) \end{multline} \]

Rozostření

img = cv.imread("troja.jpg")
img = rescale(img, 0.3)
img = cv.cvtColor(
    img, cv.COLOR_BGR2RGB
  )
plt.figure(figsize=(4,4)); 
plt.imshow(img);plt.axis('off')
plt.show()

blur = cv.GaussianBlur(
    img, (13,13), 5
  )
plt.figure(figsize=(4,4)); 
plt.imshow(blur);plt.axis('off')
plt.show()

Hrany - Canny

  • předzpracování (Gauss, Medián)
  • gradienty (Sobelovy filtry - má jádro)
  • vyhodnocení gradientů (směry a intenzity)
  • prahování (minimální a maximální)
    • min nikdy, max vždy
    • to co je mezi tak jen když je spojeno s max
  • spojení hran (analýza sousedních pixelů)
canny = cv.Canny(img, 125, 175)
plt.figure(figsize=(4,4)); 
plt.imshow(canny);plt.axis('off')
plt.show()

Hrany - vylepšení

Pouze na binárních obrazech

Dilatace

  • cv.dilate
  • rozšiřuje bílé oblasti
  • opět využití jádra
  • aspoň jeden bílý -> bílý výstup
  • vyplňuje díry, praskliny
  • lze více iterací

Eroze

  • cv.erode
  • jeden pixel není bílý -> černá
  • odstraní šum
  • oddělí objekty
  • inverzní k dilataci

Prahování (Treshold)

  • rozdělení pixelů na dvě kategorie na základě určité metriky
  • základní varianta: vše nad hodnotou prahu je černé
img = cv.imread('troja.jpg', cv.IMREAD_GRAYSCALE)
_,t1 = cv.threshold(img,127,255,cv.THRESH_BINARY)
_,t2 = cv.threshold(img,127,255,cv.THRESH_BINARY_INV)
images = [img, t1, t2]
for i in range(3):
 plt.subplot(1,3,i+1),plt.imshow(images[i],'gray',vmin=0,vmax=255)
 plt.xticks([]),plt.yticks([])

Prahování (Treshold)

  • mnohem praktičtější je adaptivní prahování!
  • hodnota prahu se počítá podle okolí (block) - C
img = cv.imread('troja.jpg', cv.IMREAD_GRAYSCALE)
img = cv.medianBlur(img,5)
_,th1 = cv.threshold(img,127,255,cv.THRESH_BINARY)
th2 = cv.adaptiveThreshold(img,255,cv.ADAPTIVE_THRESH_MEAN_C,\
 cv.THRESH_BINARY,11,2)
th3 = cv.adaptiveThreshold(img,255,cv.ADAPTIVE_THRESH_GAUSSIAN_C,\
 cv.THRESH_BINARY,11,2)
images = [img, th1, th2, th3]
for i in range(4):
 plt.subplot(1,4,i+1),plt.imshow(images[i],'gray')
 plt.xticks([]),plt.yticks([])
plt.show()

Obrysy

  • cv.findContours
  • nalezení hran objektů v binárním obraze
  • režim (mode)
    • RETR_EXTERNAL (vnější)
    • RETR_LIST (vše)
    • RETR_CCOMP (tvary s dírami)
    • RETR_TREE (vše ve stromové struktuře)
  • aproximace (method)
    • CHAIN_APPROX_NONE (žádná)
    • CHAIN_APPROX_SIMPLE
      • spojení rovných čar
      • vhodné pro polygony, rychlé
  • CHAIN_APPROX_TC89_L1
    • více přesné, nejen polygony
    • začne někde na okraji objektu
    • hledá tangenty v tom bodě (L1 metrika)
    • vynechá body na tangentě
    • prochází dokola všechny body
  • CHAIN_APPROX_TC89_KCOS
    • aproximuje na záladě úhlu
    • nejpomalejší

Obrysy

contours, hierarchy = cv.findContours(  
    th1, cv.RETR_TREE, cv.CHAIN_APPROX_SIMPLE
  )

th1c = cv.drawContours(img, contours, -1, (0, 255, 0), 5)

plt.figure(figsize=(6,6)); 
plt.imshow(th1c);plt.axis('off')
plt.show()

Souhrn

vstup ⇒ gray ⇒ blur

  1. ⇒ hrany ⇒ vylepšení hran
  2. ⇒ práh

⇒ obrysy ⇒ profit

Otázka

Jaký je rozdíl mezi hranou (edge) a obrysem (contour)?

Úkol #2 - mikroskop

Zadání

  • Vytvořit skript, který

    • stáhne data

    • u každého objektu zjistí:

      • těžiště (X,Y)
      • obsah (S)

    • seřaďte objekty podle plochy od největšího

    • vytvořit jeden ASCII soubor ve formátu:

      filename, číslo tvaru, X, Y, S

  • Tipy:
    • souřadnice (0,0) je levý dolní roh
    • jednotky: mm, resp mm2
    • pozor, mm-papír je různě velký
    • využít gitlab VARIABLE $MFF_UKOL = 2
  rules:
    - if: $MFF_UKOL == "2"
      when: always
    - when: never

https://user.mgml.eu/automation/microscope/